Der Spieler findet sich in einer enorm fortgeschrittenen Epoche wieder, in der die menschliche Rasse nicht nur den Weltraum erkundet, sondern diesen auch zum Großteil erobert hat. Millionen Welten umfasst das menschliche Reich und ganze Planeten werden als Fabrikwelten genutzt, nur für den Zweck, um Kriegsmaschinerie herzustellen.
Der Storymodus liefert dem Spieler drei unterschiedliche Kampagnen. In der ersten Kampagne steht das Imperium mit seinen Welten vor einer Katastrophe. Die finsteren Streitkräfte des Chaos wollen mehr oder weniger alles zerstören, wofür das Imperium steht. Unsere Aufgabe ist es nun, mit unseren Flotten in die Tiefen des Alls vorzustoßen, um dort die feindlichen Streitkräfte zu vernichten und das Imperium zu beschützen.
In der anderen Kampagnen geht es um die Necrons. Vor Äonen haben sie nicht nur die Galaxis beherrscht, sondern auch ihre sterblichen Körper gegen metallene Hüllen eingetauscht. Nun erwachen sie in ihren unterirdischen Grüften und müssen feststellen, dass nicht nur Menschen jetzt das Sagen haben, sondern das Chaos auch ihnen einige Probleme bereitet.
Das Schlusslicht stellen die Tyraniden dar. Von einem emotionslosen Schwarmbewusstsein gesteuert und von unstillbaren Hunger angetrieben, kümmern diese sich nicht um Politik oder das Zeitgeschehen. Nur die nächste Mahlzeit zählt.