Eine klassische Geschichte erzählt »Dynasty Warriors 9 Empires« nicht. Stattdessen schreiben wir unsere eigene, indem man mit anderen Charakteren interagiert, Beziehungen aufbaut und Bündnisse schließt. Nur gelegentlich gibt es Events, die an die historischen Schlachten des jeweiligen Zeitalters angelehnt sind.
Zwischen den Kämpfen bietet euch »Dynasty Warriors 9 Empires« die Möglichkeit, euer Königreich zu regieren. Ihr und eure Offiziere wählen jeweils eine Aktion aus einer zunächst überwältigenden Auswahl. So könnt ihr mit Steuern, Handel oder Überfällen eure Ressourcen aufstocken oder aber bei Spaziergängen mit anderen Charakteren plaudern und eure Beziehungen verbessern.
Alles, was ihr hier macht, hat auch einen direkten Einfluss auf die Kämpfe. Ihr braucht Gold, um eure Armeen zu rekrutieren, und Vorräte, um sie in den Kampf zu schicken. Gleichzeitig solltet ihr aber die Festungen in den eigenen Gebieten ausbauen, um feindliche Angriffe leichter abwehren zu können. Gute Beziehungen zu anderen Offizieren können es euch ermöglichen, sie in eure eigene Armee zu rekrutieren oder sogar Offiziere des gegenteiligen Geschlechts zu heiraten. Verbündete Offiziere schlagen euch außerdem Geheimpläne für Kämpfe vor, die euch einen großen Vorteil bringen.