An sich ist das Game sehr linear und leitet einen angenehm durch die Levels. Wer sie jedoch abseits des Weges erkundet, stößt dabei nicht nur auf zusätzliche Ressourcen wie Heil-Items, sondern auch auf Nebenmissionen und die sogenannten Fegefeuer-Arenen.
Nebenmissionen erhält man an Terminals, an denen man auch Items kaufen kann, und beschränken sich in der Regel darauf, Gegenstände zu finden oder bestimmte schwierigere Gegner·innen zu erledigen. Sie tragen kaum zur Geschichte bei, doch die Erkundung der Levels hilft dabei, dass sich das Spiel nicht zu linear anfühlt.
Im Fegefeuer stellt man sich außerdem Kämpfen mit erhöhter Schwierigkeit, in denen man für zusätzliche Belohnungen mit reduziertem Gesundheitsbalken antreten kann. Wer jedoch fleißig erkundet und Nebenmissionen erledigt, wird schon vor der Hälfte des Games so viele Ninja Münzen auf dem Konto haben, dass er immer mit vollem Inventar in den Kampf ziehen kann. Diese Items machen »Ninja Gaiden 4« auch deutlich entspannter. Doch wer die höchste Punktzahl erreichen und die Bestenlisten erklimmen will, verzichtet sowieso auf deren Einsatz.