Nebenmissionen, die wir zusätzlich annehmen können, bringen uns mit ihrer Zielsetzung oftmals in Konflikte mit der vom Computer erteilten Hauptmission. Da wir mit jeweils drei weiteren Klonen auf die Missionen gehen, kann es gut einmal passieren, dass sie uns beim Computer in die Pfanne hauen und sich somit unsere Loyalität verringert.
Befindet sich der Spieler in einem Kampf, kann er jederzeit die Pausen-Funktion aktivieren, um sich einen Überblick zu verschaffen und strategisch vorgehen zu können. Diese Funktion ist besonders dann hilfreich, wenn eine Menge Dinge auf dem Bildschirm passieren und wir unsere Troubleshooter jeweils verschiedene Aktionen ausführen lassen.
Natürlich wird der Spieler mit einer Menge an Loot belohnt, der einen stärker macht. Sollten wir eine Mission erfolgreich abschließen und uns schlafen legen, wird das gesamte Inventar allerdings geleert, um das zu verhindern, müssen wir Ausrüstung, die wir behalten wollen, verstecken.