Die Hauptstory findet nämlich in vom Rest der Spielwelt abgetrennten Orten statt, wie man sie bereits aus Spielen wie Nioh kennt.
Man durchquert also einen linearen Level, schaltet währenddessen Gegner·innen aus und Checkpoints frei und muss am Ende noch einen Boss überwinden.
Die Level fallen zwar wesentlich kleiner aus als in anderen Team Ninja-Spielen, das ist aufgrund des ganzen anderen Contents aber gar nicht so schlimm. Bei den Hauptmissionen und vor allem den dazugehörigen Bosskämpfen spielt Team Ninja wieder einmal seine Stärken aus, denn hier darf das Kampfsystem richtig glänzen.
Die Missionen kann man entweder allein mit bis zu zwei NPC-Gefährt·innen, die man in der Open World kennenlernt, oder im Mehrspieler·innen-Koop abschließen.
Die NPCs kommen sogar alle mit besonderen Fähigkeiten daher. Hat man etwa Sakamoto im Team, verursacht der Revolver Brandschaden.
Zwischen den Figuren lässt sich nahtlos hin- und herwechseln, um etwa die Offensive aufrechtzuerhalten oder wenn man die Missionen einfach als Gonzo durchspielen möchte. Am meisten Vielfalt hat man aber definitiv mit dem Protagonisten.