Die Geschichte von »System Shock« spielt im fernen Jahr 2072. Unser Hauptcharakter, ein namenloser Hacker, soll auf der Raumstation, genannt »Citadel«, einen Spezialauftrag für Edward Diego erledigen. Diego ist der korrupte Vizepräsident der TriOptimum Corporation. Ebenso hat er die höchste Sicherheitsfreigabe für die neu entwickelte künstliche Intelligenz Shodan.
Durch diese enorm hohe Sicherheitsfreigabe war es Diego möglich, alle ethischen Begrenzungen und Beschränkungen für Shodan aufzuheben und sie somit zu einer unberechenbaren Killermaschine zu machen, die Citadel vollumfänglich kontrolliert.
Als Diego nach einiger Zeit jedoch bemerkt, dass die Lage auf der Citadel völlig außer Kontrolle geraten ist und ein Großteil der Besatzung tot oder mutiert ist, war es bereits zu spät. Shodan kontrolliert die Station quasi allein. Nun liegt es also an unserem Helden, die Station zu befreien und die unberechenbare Killer-KI Shodan in die Knie zu zwingen.