Zur Verteidigung gegen die angriffslustigen Erdlinge stehen Crypto einige Alien-Waffen und besondere Fähigkeiten zur Verfügung. Die ersten lernt man recht schnell, beispielsweise Springen oder den Einsatz des Jetpacks. Zum riesigen Waffenarsenal kommt das Raumschiff, das wir ebenfalls nutzen können, um für Chaos und Zerstörung zu sorgen. Haben wir die Menschen erst einmal besiegt, müssen wir im Anschluss ihre Gehirne extrahieren, um so die DNA für die Furon zu ernten.
Der Spieler braucht die gesammelte DNA, um Cryptos Eigenschaften und den Fähigkeiten seines Raumschiffs Upgrades zu verpassen. Das ist besonders wichtig im späteren Verlauf, wenn man es mit größeren und mächtigeren Gegnern zu tun bekommt. Spätestens dann kommt man nicht daran vorbei die hart verdiente Menschen-DNA in bessere Analsonden oder Psychokinese-Fähigkeiten zu investieren.
In »Destroy all Human!« hat der Spieler die Möglichkeit, Menschen zu scannen, um sich so als diese Person auszugeben. Das ist besonders hilfreich, um beispielsweise als Bürgermeister oder General Bereiche zu erkunden, in die wir vorher nicht durften. Dazu gesellt sich das Gedankenlesen, das es uns ermöglicht, perfekt in die Rolle des zuvor gescannten Menschen zu schlüpfen.