Schauplätze, die weder Stadt noch eure Farm sind, können als Dungeons bezeichnet werden. Sollt ihr einen Dungeon auf eurer Reise durchqueren, so müsst ihr ihn nur beim ersten Mal komplett durcharbeiten. Danach kann er bereits auf der Weltkarte einfach durchschritten werden. Hierdurch spart ihr viel Zeit, allerdings sammelt ihr natürlich keine Erfahrung oder Materialien.
In den Dungeons bestreitet ihr in Echtzeit Kämpfe gegen die umherstreifenden Monster. Hierfür müsst ihr an den Speicherpunkten auswählen, welche drei Jobklassen euch zur Verfügung stehen sollen.
Da die Gegner·innen über eigene Stärken und Schwächen verfügen, solltet ihr zwischendurch ruhig auch einmal die Klassen durchwechseln.
Insgesamt bietet Harvestella zwölf unterschiedliche Jobklassen. Die ersten zehn erlangt ihr im Laufe der Haupthandlung automatisch, meistens zusammen mit einem neuen Gruppenmitglied, das ausschließlich diesen Job ausführen kann. So hat beispielsweise Aria den Job der Kampfgelehrten, die mit den Fäusten Zertrümmer- und Blitzschaden verursachen kann, während Azir als Himmelslancier mit Durchbohren- und Windangriffen euren Gegner·innen zusetzt.