In »Naruto to Boruto« ist dem Spieler die Möglichkeit gegeben, sich seinen eigenen Ninja zu erstellen. Zunächst können wir nur das Aussehen des Charakters bearbeiten, im Verlaufe des Spiels kommt dann noch die Auswahl der Nin-Jutsu dazu.
Nachdem man seinen Charakter erstellt hat, kommt man ins das Hauptgebiet des Spieles. Hier können Missionen angenommen, der Charakter bearbeitet und auf Mitspieler gewartet werden.
Das Tutorial beginnt damit, dass dem Spieler das Prinzip der VR-Missionen erklärt wird. Bei den VR-Missionen handelt es sich um eine Möglichkeit für das Spiel, den Spieler in bekannte Momente aus der Naruto-Geschichte zu versetzen, da das Spiel nach dem Ende der ursprünglichen Reihe angesiedelt ist. Nach den üblichen Tutorial-Missionen, in denen die Steuerung des Spiels beigebracht wird, kann man offline oder online mit bis zu drei weiteren Spielern versuchen, die Missionen erfolgreich zu bewältigen.