Der eigentliche Star ist jedoch der Modus "Besondere Geschichte". Hier erzählt "Connections" eine Original-Story, die eigens für das Game geschrieben wurde. Im Mittelpunkt stehen dabei Narutos Sohn Boruto, dessen Freunde und zwei neue Figuren. Zu denen zählt etwa Bösewicht Merz, der mit seiner Organisation Zero das erreichen will, woran Pain einst scheiterte: eine Welt, die nur von den Starken dominiert wird. Besonders wichtige Rollen spielen hier zudem das neue VR-Videogame "Ninja Heroes" und ein junges Mädchen namens Nanashi, das Boruto im Spiel kennenlernt.