Alle Kämpfer des Spiels blicken einer massiven Invasion von Meisterhänden entgegen, die von der mysteriösen Lichtgestalt Kyra angeführt wird. Plötzlich lösen sich die Meisterhände auf und riesige Lichtstrahlen verfolgen die Helden und Bösewichte und löschen sie bei bloßer Berührung gnadenlos aus. Einzig Kirby konnte sich noch retten, doch der gesamten Welt erging es anders. Alles wurde vom Licht verschluckt und die Seelen unzähliger Figuren aus diversen Spielen sind nun im Besitz von Kyra.
Nun liegt es an Kirby, seine Freunde aber auch Widersacher zu befreien und die Lichtgestakt Kyra zu besiegen. Unterwegs begegnet der Spieler immer wieder großen Bossgegnern und unzähligen Kopien bekannter Kämpfer, die von Geistern besessen sind. Diese Geister spielen eine große Rolle im Abenteuermodus.
Primär-Geister verstärken den Angriff- und den Abwehr-Status des Kämpfers, besitzen einen Rang und eventuell noch einen zusätzlichen Effekt und können mit unterschiedlichen Methoden aufgelevelt werden. Die Geister haben zudem einen festen Typ, dazu zählen Angriff, Abwehr und Griff.
Zwischendurch trifft man auch auf Helden. Hat man sie besiegt, schließen sie sich dem Story-Team an und können fortan hier und auch in allen anderen Modi ausgewählt werden. Weitere Charaktere fordern einen zufällig im Spiel, also zwischen den Kämpfen, heraus und müssen mit dem zuletzt gespielten Charakter bezwungen werden. Verliert man, kann man sie aber später wieder selbst herausfordern.
