Trails Through Daybreak beginnt anderthalb Jahre nach den Ereignissen des vorherigen Spiels und versetzt uns in die Lage von Van Arkride, einem Spriggan-Söldner. Nachdem Van einem scheinbar harmlosen Job angenommen hat, bei dem er versucht, ein Andenken an die Heldin Agnes’, den verstorbenen Urgroßvater zu finden, wird er in Ereignisse verwickelt, bei denen er die mysteriösen Mafia Alamata aufdecken wird. Diese organisierte Mafia hat in Calvard Fuß gefasst – und Van steht bald im Mittelpunkt der Ereignisse, die die Region prägen werden.