Der Protagonist Kazuma Kiryu versucht, aus der Yakuza auszusteigen und hat zu diesem Zweck ein Waisenhaus in Okinawa eröffnet. Dort will er sich um Kinder kümmern, die wie er ihre Eltern verloren haben. Doch an den Standort des Waisenhauses sind zwei Politiker interessiert, die dort unterschiedliche Bauvorhaben planen. Das führt dazu, dass sich auch die Yakuza in die Geschäfte einmischt.
Einige Zeit später werden sowohl der Vorsitzende des Tojo-Clans Daigo Dojima als auch Kiryus Freund Shigeru Nakahara, der der Vorsitzende der Ryudo-Familie ist, von einem Unbekannten angeschossen. Beide Attentate trugen dieselbe Handschrift. Um den Vorfällen auf den Grund zu gehen, kehrt Kiryu mit seiner Begleitung Rikiya, der Nakahara untersteht, zurück nach Kamurocho. Nun liegt es an Kiiryu herauszufinden, wer hinter den Attentaten steckt.