»Subnautica« kommt als Survival-Erfahrung daher, sprich: Die Hauptaufgabe des Spielers ist es, nach Ressourcen in der Spielumgebung zu suchen. Die gefundenen Materialien werden verwendet, um damit neue Gegenstände herzustellen, sprich auf neudeutsch: zu »craften«.
Auf diese Weise erhält man bessere Materialien, dann neue Gegenstände, um sich das Leben zu erleichtern. Dazu gehört ein Sauerstofftank, um länger unter Wasser bleiben zu können ebenso wie ein Schweißgerät, um den Schiffscomputer der Rettungskapsel zu reparieren. Irgendwann erhält man weitere Gegenstände, wie einen Scanner, der es einem erlaubt, die Tiere und Pflanzenwelt genauer zu untersuchen. Er ist auch dazu da, Blaupausen von technischen Dingen aufzuspüren, die man erhält, wenn man Kisten auf dem Meeresboden findet, die wie Geldsafes aussehen.
Dieses Spielprinzip funktioniert prima, weil man immer eine neue Karotte vor der Nase hat, die man erhalten möchte, um neue Gegenden zu sehen und Höhlen zu erforschen. Am Ende reicht es sogar, um eigene Unterwasserbasen zu errichten.
Aber ob das Game auch noch interessant bleibt, sobald man alle Gegenstände gecraftet hat, bleibt noch eine der großen Fragen von »Subnautica«.
Es gibt aktuell drei Spielmodi: den Überlebensmodus, den Freemodus (»Freies Spiel«), den Hardcore-Modus und den Kreativmodus. Während man beim Survivalmodus und Hardcore-Modus auf Hunger und Durst achten muss, ist das beim Freemodus und kreativen Modus nicht der Fall. Beim Baumodus geht es vorrangig um das Errichten von Unterseebasen, man ist sogar unsterblich.