Die Missionen sind über den ganzen Globus verteilt und bieten eine Mischung aus kleinen Infiltrationsaufträgen wie Aufklärungsmissionen, Versorgungsfahrten, Attentaten und Sabotageversuchen und größeren Zielen wie Raubüberfällen oder Versuchen, einen der drei Scherg·innen zu stürzen, die die Fraktionen des Banished Court anführen.
Es gibt auch Rekrutierungsmissionen, bei denen du hinter die feindlichen Linien gelangen und mit einem befreiten Gefangenen exfiltrieren musst. Dabei kann es sich um neue Agent·innen handeln, die sich den Lamplighters anschließen, oder um Verbündete, die in Lockes Versteck besondere Dienste leisten.
Jede Mission verschiebt die Zeit um eine Woche nach vorne und ermöglicht es, untätige Agent·innen auf Aufklärungsmissionen hinter den Kulissen zu schicken, aber auch die Weltuntergangsuhren vor- oder zurückzudrehen, je nachdem, welche Missionen du annimmst.